민족문제연구소는 최근 친일반민족행위진상규명위원회 사무처장에 한나라당 당료 출신 인사를 내정하고 임명을 강행하려 하고 있다며 반발하고 있다.

민족문제연구소는 "일반 공기업도 아닌 전문위원회에까지 확산되고 있는 안하무인격 낙하산 인사가 그 대표적 사례의 하나"라면서 "정치와 전혀 무관한 역사문제를 다루는 위원회의 조사연구를 총괄 지휘하는 책임 있는 자리에, 전문가는 물론 행정관료도 아닌 한나라당 비례대표 후보를 앉히려 하고 있다"고 비난했다.
 
이어 “ 대통령이 나서서 노골적으로 과거사 청산을 저해하는 발언을 일삼더니, 밑에서는  이를 받들어 구체적 실천으로 옮기고 있는 등 일신우일신 도를 더해가고 있는 가운데 내놓고 과거 독재정권의 행태를 판박이처럼 되풀이하는 데는 말문이 막힐 수밖에 없다”고 비판했다.

민족문제연구소는 "세간에서는 이명박 정부가 반민특위를 와해시킨 이승만 정권의 전철을 되풀이하고 있다는 우려를 하고 있다"며 "과거사 관련 위원회에 대한 다양한 압박이나 무리한 통폐합 기도가 이를 반증한다. 그렇다면 이 정부에 대한 후세의 역사적 평가도 준엄할 수밖에 없을 것이 명백하다"고 경고했다.

끝으로 "과거사 청산은, 어느 특정 정권의 공이 될 수도 없고 어느 특정 정권이 폐기할 수도 없는, 우리 근현대사에 있어 피할 수 없는 과제이다"며 "이 정부의 과거사 해법이 어떤 결과로 돌아오는지는 일본의 독도문제 대응이 웅변해주고 있다. 정부는 현실의 엄중함을 직시하고, 더 이상 미래세대에게 정신적 부채를 넘겨주는 과오를 저지르지 말기를 거듭 촉구한다"고 말했다.